Yayasan Tanah Merdeka berdiri pada 19 Oktober 1992 di Palu dan didirikan oleh Hedar Laudjeng (Almarhum), Lahmudin Hi Yoto Lahamide, Arianto Sangadji, Efendi Kindangen, dan Emmelya D Mangata.
Pada 1992 hingga 1996, Yayasan Tanah Merdeka (YTM) bekerja dengan Masyarakat Lindu untuk menolak proyek pembangkit listrik tenaga air (PLTA) Lore Lindu. Proyek tersebut akan menenggelamkan empat desa, areal persawahan, dan perkebunan rakyat yang berada di sana karena permukaan air Danau Lindu akan dinaikkan antara empat sampai dengan sepuluh meter. Penduduk empat desa di Lindu, yakni Tomado, Anca, Langko dan Puroo akan dipindahkan. Proyek PLTA tersebut juga berlangsung di dalam kawasan Taman Nasional Lore Lindu (TNLL). Pada 1996, pemerintah menghentikan rencana proyek tersebut karena penolakan yang keras dari masyarakat Lindu.
Pada 1997 hingga 2021, YTM bekerja dengan Masyarakat Katu yang tinggal di dalam TNLL. Masyarakat Katu akan dipindahkan keluar dari TNLL melalui proyek Central Sulawesi Integrated and Development Project (CSIDP) yang memperoleh pembiayaan dari Bank Pembangunan Asia (ADB). Masyarakat Katu memperoleh kepastian untuk tetap tinggal di dalam TNLL setelah memperoleh pengakuan dari otoritas TNLL pada 2021.
Sejak 1997 hingga 2006, YTM juga bekerja dengan Masyarakat di Bahumotefe dan One Pute Jaya di Morowali berkaitan dengan rencana ekspansi PT Inco di sana. PT Inco – saat in PT Vale Indonesia – diketahui memiliki konsesi pertambangan di atas lahan-lahan penduduk Bahumotefe dan One Pute Jaya. Rencananya penduduk transmigran One Pute Jaya akan dipindahkan dari kampung mereka saat ini ke Saembalawati di Mori Atas. Tetapi rencana tersebut dibatalkan setelah muncul perlawanan keras dari penduduk One Pute Jaya.
Sejak 2000 hingga 2006, YTM bekerja untuk memonitor praktik-praktik korupsi dalam kekerasan dan militerisasi berhubungan dengan penyelesaian konflik horizontal di Poso.
Sejak 2009 hingga saat ini, YTM bekerja di Morowali dan Morowali Utara. Kegiatan-kegiatan YTM terutama berkaitan dengan pengorganisasian masyarakat dan para pekerja terkait dengan pertumbuhan cepat pertambangan nikel dan industri pengolahan nikel di dua daerah tersebut.